Desde 2013, o hospital São João de deus está sob intervenção judicial . Com a saída da ordem hospitaleira, um grupo gestor foi designado para gerenciar a unidade hospitalar. O hospital havia contraído uma dívida de mais de R$ 130 milhões. São mais de 50 municípios credenciados à rede de urgência e emergência e hospital é uma das referências no atendimento. Só dívida do estado e do município com o Hospital São João de Deus já chega a quase R$ 25 milhões de reais.
Na prestação de contas, o hospital fez um comparativo. Em setembro de 2016, antes da intervenção, o hospital tinha 286 leitos. A média de permanência de cada paciente era de 4,8 dias. Em dezembro do ano passado, os leitos correspondiam a 326. A média de permanência se manteve a mesma. Para dezembro deste ano, a previsão é que o número de leitos chegue a 380, um crescimento de 94 leitos em relação a 2016.
